当年，宗喀巴大师16岁时去西藏深造，6年没回家，其母香萨阿切思子心切，托人捎去家书一封白发一束要其回家一晤。奈何宗喀巴为学佛而决意不返，回信道：“若能在我出生的地点用十万狮子吼佛像和菩提树（指宗喀巴出生处的那株白旃檀树）为胎藏修建一座佛塔，就如与我见面一样”。第二年，香萨阿切在信徒们的支持下建塔，取名“莲聚塔”，此乃塔尔寺原形。此后180年中，此塔虽多次改建维修，但一直未形成寺院。塔尔寺真正开始发达始于1582年三世DLLM索南嘉措第二次来青海，由于他向各藏族部落指示扩建塔尔寺，赐赠供奉佛像，并进行各种建寺仪式，才使得塔尔寺有了快速发展。1612年，经四世DLLM指示，塔尔寺正式建立显宗学院，讲经开法，标志着塔尔寺成为格鲁派的正规寺院。